Аналитик считает retention так: берёт всех unique users, активных на неделе 1, и делит число активных на неделе 2 на эту базу. Почему это может быть ошибкой, если нужна когортная логика?

Если каждый раз брать 'активных на неделе', состав базы меняется и включает пользователей, пришедших в продукт в разные даты. Такой показатель ближе к общей повторной активности, а не к cohort retention. Для когортного анализа нужно зафиксировать cohort date (например, event 'signup') и дальше смотреть возвраты по возрасту: W1 retention, W2 retention и так далее. Тогда сравнения между когортами будут честными.