У вас 12 регионов, и несколько регионов дают очень малые counts, из-за чего появляются маленькие ожидаемые частоты. Какой шаг чаще всего помогает перед применением chi-square?

Тест хи-квадрат опирается на аппроксимацию распределения статистики хи-квадратом, и эта аппроксимация ломается при малых ожидаемых частотах в ячейках (обычно требуют ≥5). Стандартный приём — объединить редкие категории в other, чтобы поднять ожидаемые частоты, либо взять точный тест Фишера для маленьких таблиц. t-test не годится: он сравнивает средние, а у нас доли по категориям. Парные точные тесты с минимальным p-value без поправки раздувают ошибку I рода. Дальнейшая детализация регионов делает ячейки ещё мельче и усугубляет проблему.