Вы хотите хранить координату точки как пару значений и использовать её как ключ в dict. Что обычно подходит лучше для самой координаты?

Если координата — фиксированная пара (например, (x, y) или (lat, lon)), tuple хорошо подходит: его нельзя случайно изменить, и такой объект можно использовать как ключ в dict. list изменяемый и поэтому плохо подходит для роли ключа. set не хранит порядок и вообще не предназначен для пары с фиксированными позициями. Вложенный dict с ключами x и y тоже нельзя использовать как ключ, потому что он изменяемый.