У вас матрица признаков X формы (1000, 3). Вы делаете центрирование столбцов: X_centered = X - X.mean(axis=0). Почему это работает без цикла for?

X.mean(axis=0) сворачивает измерение строк и оставляет вектор по столбцам — для матрицы (1000, 3) получается форма (3,). При операции X - mean правила broadcasting автоматически растягивают вектор по строкам, и из каждой строки вычитается одно и то же среднее значение по соответствующему столбцу. Это и даёт центрированную матрицу той же формы (1000, 3). Никакой in-place мутации X mean() не делает, и вернуть отдельное число (а не вектор) могло бы только X.mean() без axis.